Sozietate kooperatiboko jite juridikoa duen Zubi Zahar Herri Ikastolaren gobernu organoak estatutuek zehaztutakoak dira, hots, ASANBLADA NAGUSIA eta ARTEZKARITZA KONTSEILUA. Horretaz gain, Zubi Zahar Herri Ikastolak, erakunde irekia eta plurala denez, hezkuntzarekin zerikusi zuzena duten gaietarako Kudeaketa Batzordea dauka, eta bertan, Ikastolako estamentu guztiek hartzen dute parte (guraso, irakasle, zerbitzuetako langile eta ikasleek).

Ikastolako funtzionamendu organoak dira jarduera egokiaren erantzule eta gobernu organoek egindako ahal-eskuordetzaz dihardute. Zuzendaritzak autonomia osoz jardungo du bere zereginetan, baina zuzendaritzak goi-mailako organoek hartutako erabakiak betetzen ez dituenean edota zuzendaritzaren jarduerak erakundearen segurtasuna, ospe ona eta izatea bera arriskuan jartzen dituenean, goberno organoek esku-hartzea izango dute.